蛋白质互作研究按照实验目的可分为两大类，一是验证两个蛋白是否存在相互作用，二是筛选某个兴趣蛋白的互作蛋白。 目前，常用的蛋白质互作分析技术有：免疫共沉淀（CO-IP），pull-down、串联亲和纯化法(tandem affinity purification，TAP)和基于SILAC技术的免疫共沉淀（SILAC-IP）等。
       
其中CO-IP、Pull-down常被用来验证两个蛋白的相互作用；虽然CO-IP或Pull-down结合质谱的方法也可用来筛选互作蛋白，但常常会带来很多假阳性结果；因此，TAP和SILAC-IP技术在筛选互作蛋白的研究方面表现出了一定优势。
       
串联亲和纯化技术 (tandem affinity purification，TAP)与COIP技术筛选互作蛋白的原理类似。不同的是TAP技术使诱饵蛋白带上了2个纯化标签，利用标签对蛋白复合物进行了两轮纯化（串联亲和纯化），使洗脱液中的非特异性蛋白降至较低水平。结合LC-MS/MS技术，分别鉴定出实验组和阴性对照组洗脱液中的蛋白质种类，从而找到实验组中独有的蛋白质，即可能的互作蛋白。


应用领域

信号通路研究：寻找特定目标蛋白的互作蛋白。


技术流程

构建诱饵蛋白的双标载体——包装慢病毒——筛选稳转株——提取总蛋白——串联亲和纯化——洗脱液的蛋白酶解——LC-MS/MS——蛋白质定性和定量结果——筛选实验组独有蛋白

技术优点

2. 采用两步纯化，能有效减少假阳性率。