核酸与蛋白互作不仅是生物有机体展示其生命活动的基本形式之一，还是核酸和蛋白功能阐释的重要内容。常用于核酸与蛋白互作研究的技术包括：RNA pull down、DNA pull down、ChIRP、ChIP、reverse-ChIP、RIP等。

其中，RNA/DNA pull down是研究体外条件下RNA或DNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录目的RNA的一部分或全长，用生物素标记转录产物，再与链霉亲和素磁珠孵育使之固定在磁珠上，用以“pull down”互作蛋白，纯化的产物蛋白经特定抗体的western-blot实验，可验证某种蛋白与目的RNA/DNA是否有相互作用；纯化的蛋白经质谱鉴定，即可筛选到与目的RNA结合的蛋白。

CHIRP-MS是研究体内条件下RNA与蛋白互作的技术。该技术在特定时间点用甲醛交联等方式固定细胞内RNA与蛋白及核酸的互作复合物，再利用生物素标记的探针及链霉亲和素磁珠纯化出与RNA结合的蛋白及核酸的复合物，分离产物中的蛋白质做质谱鉴定，即可筛选出与目的RNA结合的蛋白。


应用领域

用于目的RNA或DNA的互作蛋白验证或筛选，如验证或寻找特定基因的转录因子。


技术优点

技术流程